رویدادهای زیر را به شما پیشنهاد میکنیم

کارگاه آموزشی دینامیک مولکولی
- رایگان
- تهران
- علوم پایه
توضیحات
پدیدههای زیستی طیف وسیعی از مقیاسهای طولی-زمانی از ارتعاشات اتمی در چند فمتوثانیه تا تاخوردگی پروتئینها در چند ثانیه را در برمیگیرد. بهدلیل محدودیتهای روشهای تجربی در بررسی این طیف وسیع، شبیهسازی دینامیک مولکولی در دو دههی اخیر مورد اقبال بالایی در مجامع علمی قرار گرفته است. بهدلیل توسعه روزافزون پردازندههای کامپیوتری و امکان شبیهسازی ماکرومولکولهای زیستی در بازههای زمانی طولانی، دینامیک مولکولی به یکی از پایههای اصلی در پژوهشهای مرتبط با داروسازی مبدل شده است. نرمافزارهای متنوعی در این حوزه توسعه داده شده که نرمافزار Gromacs از شهرت بالایی برخوردار است. در این دوره آموزشی علاوه بر تدریس مبانی نظری شبیهسازی دینامیک مولکولی، آموزش کاملی از نحوهی نصب این نرمافزار در سیستم عاملهای مختلف و کار با آن ارائه خواهد شد. همچنین برای نمایش ساختارهای شبیهسازی شده و تولید فیلم و تصاویر ماکرومولکولهای زیستی با کیفیت بالا برای ارسال به مجلات علمی، کار با نرم افزار VMD نیز آموزش داده خواهد شد.
سرفصل دوره
مبانی شبیهسازی دینامیک مولکولی
- الگوریتمهای ورله و لیپفراگ
- شرایط مرزی دورهای (PBC)
- انواع انرژی پتانسیل
- کنترل دما و فشار
- مدلهای مختلف حلال آبی
- نصب نرمافزارهای Gromacs و VMD در سیستم عاملهای لینوکس، مکینتاش و ویندوز
دستورات پایه لینوکس و کار با ترمینال bash
آماده سازی ساختار اولیه ماکرومولکولهای زیستی از قبیل پروتئین، لیپید و نوکلئیک اسید
انواع میدانهای نیروی اتمی amber، gromos، charmm و پارامترهای دخیل در آن
فایل تنظیمات شبیهسازی برای کمینهسازی انرژی، NVT و NPT
بهینه کردن مدت زمان انجام شبیهسازی از طریق کنترل پردازشهای موازی بر روی CPU و GPU
انواع آنالیزهای ساختاری و انرژتیک سیستم شبیهسازی شده
- اندیس گذاری و دستهبندی اتمها برای پیادهسازی آنالیزهای مختلف
- ماتریس فشار، دما، چگالی، انواع انرژیهای پتانسیل و جنبشی و ۰۰۰
- RMSD و RMSF
- توابع توزیع شعاعی (RDF)، فاصلهی، زاویهی و پیچشی
- تحلیل کامل پیوندهای هیدروژنی و سطح قابل دسترس حلال مولکول
- بررسی تغییرات ساختار دوم در پروتئینها
- معرفی روشهای محاسبه ی انرژی آزاد
- معرفی کتابخانههای پایتون برای آنالیز ترجکتوری شبیهسازی
نمایش انواع تصاویر مولکولی با استفاده از نرمافزار VMD
رندر کردن تصاویر با کفیت بالا برای چاپ در مجلات علمی
آشنایی با زبان Tcl برای کار با رابط برنامه نویسی نرم افزار VMD
تولید فیلم شبیهسازی با استفاده از نرم افزارهای VMD
پیش نیاز
- همراه داشتن لپ تاپ
- لینک دانلود سورس کد نرم افزارها و همچنین بستههای نرم افزاری مورد نیاز برای نصب در سیستم عامل ویندوز متعاقبا اعلام خواهد شد.
مخاطبین دوره
دانشجویان و محققین رشتههای:
- بیوشیمی، بیوفیزیک و بیوانفورماتیک
- زیست فناوری و علوم نانو
- داروسازی و رشتههای پزشکی (پیراپزشکی و ۰۰۰)
- علوم پایه (شیمی، فیزیک)
زمانبندی
عنوان | شروع | پایان | |
---|---|---|---|
خوشآمدگویی و مبانی شبیهسازی | ۸ | ۱۲ | |
پذیرایی ناهار | ۱۲ | ۱۳ | |
آموزش نرم افزار گرومکس | ۱۳ | ۱۷ |
عنوان | شروع | پایان | |
---|---|---|---|
آنالیز نتایج شبیهسازی | ۸ | ۱۲ | |
پذیرایی ناهار | ۱۲ | ۱۳ | |
رندر تصاویر مولکولی و تولید فیلم شبیهسازی | ۱۳ | ۱۷ |
برگزار کنندگان
برگزارکننده
