کارگاه دو روزه طراحی پرایمر و وکتور

دست ورزی های ژنتیکی، ابزاری قدرتمند در اختیار ژنتیک دانان قرار می دهد تا مولکول های هدف را برای رسیدن به اهداف گوناگون، ویرایش کرده و ویژگی های جدیدی را به آن ها اضافه نمایند. لازمه گام برداشتن در این مسیر، مطالعات بیوانفورماتیکی قوی است که با کمک نرم افزارهای مختلف، امکان پذیر است.

به عنوان مثال، برای تکثیر هر قطعه دلخواهی از ژنوم، یک جفت پرایمر اختصاصی مورد نیاز است. این پرایمرها باید طوری طراحی شوند که از طرفی کاملا مکمل توالی هدف باشند و از سوی دیگر به هیچ بخش دیگری از مولکول الگو، متصل نشوند.

این عامل به همراه چند عامل دیگر، طراحی پرایمر را به مرحله ای دقیق و حساس از روند کلون سازی ژن ها تبدیل می نماید.پرایمر‌ها قطعات کوچکی از ماکرومولکول‌ DNA یا RNA هستند که به عنوان آغازگرهای واکنش زنجیره‌ای پلیمراز (PCR) نقش اساسی را ایفا می‌کنند. پرایمرها به صورت تک رشته‌ای در ابعاد چند باز محل قرارگیری آنزیم پلیمراز و شروع فعالیت آن را جهت تکثیر DNA یا RNA فراهم می‌کنند.دانش طراحی پرایمر یکی از مباحث مهارتی علم بیوانفورماتیک بوده که بی‌شک اغلب دانشجویان و دانش‌آموختگان زیست‌شناسی فارغ از نوع رشته تحصیلی با مفهوم آن آشنایی دارند منتها دانشجویان و محققانی که زمینه فعالیت تحقیقاتی آنها مستقیم یا غیر‌مستقیم به ژنتیک ربط داشته باشد نیازمند فراگیری این مهارت هستند.

طراحی پرایمر مهارتی است که با استفاده از نرم‌افزارهای کامپیوتری یا اینترنتی (تحت وب) محقیقن را در طراحی آزمایش‌های ساده‌ای چون شناسایی وجود ژن،  یا قطعه‌ای از آن، تعداد کمی و کیفی mRNA، شناسایی جهش‌ها تا تولید وکتورها و دستکاری‌های ژنتیکی و ویرایش ژنوم یاری میدهد به نحوی که بدون اغراق میتوان گفت موفقیت هر یک از روش‌های ذکر شده در گروی طراحی مناسب و کارای این قطعات کوچک است.
واکنش زنجیره‌ای پلی‌مراز(PCR; polymerase chain reaction)  و انواع آن از رایج‌ترین تکنیک‌های زیست‌شناسی مولکولی جهت تکثیر ماده ژنتیکی است.

با توجه به اهمیت این مرحله در روند کلی فرایند کلونینگ، در این کارگاه، مجموعه مکتبخونه با همکاری موسسه ساده سازان سخن علم و با تدریس دکترحسن رسولی، ابتدا با استفاده از نرم افزار پرل پرایمر (perl primer)، مخاطبان را با روند کلی طراحی پرایمربرای بررسی بیان ژن و  نرم افزار (Generunr) آشنا نموده و سپس به طراحی پرایمر برای کلونینگ و تولید پروتئین های نوترکیب  پرداخته و شما را با برخی ریزه کاری های آن آشنا می‌سازیم.