در پي فرمان رهبر كبير انقلاب اسلامي حضرت امام خميني – قدس سره- درتاريخ 59/3/23مبني بر تشكيل ستاد انقلاب فرهنگي ، ستاد مزبور در جلسه مورخ 59/5/16به منظور تحقق بخشيدن به اهداف انقلاب فرهنگي ، جهاددانشگاهي را به عنوان يك نهاد انقلابي و برخاسته از انقلاب فرهنگي تاسيس كرد . پس از تبديل ستاد به شوراي عالي انقلاب فرهنگي ، اساسنامه اين نهاد در تاريخ 65/9/11مورد تجديدنظر قرار گرفت و با حذف وظيفه مشاركت در مديريت اداره دانشگاهها و تاكيد بر انجام فعاليتهاي فرهنگي و تحقيقاتي به منظور اسلامي شدن دانشگاهها به تصويب رسيد.
بار ديگر شوراي عالي انقلاب فرهنگي با عنايت به شرايط جديد دانشگاهها در تاريخ 69/8/22مصوبه اي را به تصويب رساند كه در آن جهاددانشگاهي به عنوان پلي ميان دانشگاه و بخش صنعتي ، خدماتي كشور معرفي گرديد . در اين مصوبه دو وظيفه عمده انجام تحقيقات علمي و فعاليتهاي فرهنگي همچنان بعهده اين نهاد مي باشد . بر مبناي اين مصوبه اساسنامه جديد جهاددانشگاهي به شرح ذيل به تصويب شوراي عالي انقلاب فرهنگي رسيد.
جهاددانشگاهي نهادي است عمومي و غيردولتي زيرنظر شوراي عالي انقلاب فرهنگي ، داراي شخصيت مستقل و از لحاظ اداري ، استخدامي و مالي تابع مقرراتي است كه در چارچوب اختيارات قانوني به تصويب هيات امناي جهاددانشگاهي مي‌رسد