پژوهشگاه فضای مجازی به عنوان بازوی پژوهشی شورای عالی و مرکز ملی فضای مجازی و همچنین نقطه اتصال و ارتباط مراکز علمی و پژوهشی کشور در حوزه‌های مرتبط با فضای مجازی، از سویی متکفل پاسخگویی به نیازهای پژوهشی شورای عالی و مرکز ملی فضای مجازی برای پشتیبانی از راهبردها، سیاست‌ها و برنامه‌ها بوده و از سوی دیگر، هدایت و توسعه ظرفیت‌های پژوهشی در راستای اولویت‌های فضای مجازی کشور را عهده‌دار است. در همین زمینه، تقسیم کار ملی، هماهنگی و هم‌افزایی میان مراکز علمی و پژوهشی جهت ارتقای آمادگی کشور در مواجهه با تحولات فضای‌مجازی از مهم‌ترین اهدافی است که پژوهشگاه را بر عزم خود استوار ساخته است. همچنین، پژوهشگاه فضای مجازی یکی از معدود مراکزی است که پیوند میان پژوهشگران و نخبگان علمی فضای مجازی کشور را با سیاست‌گذاران، قانون‌گذاران و مجریان به‌طور جدی در دستور کار قرار داده است و تلاش می‌کند با توسعه همکاری‌ها میان مراکز علمی و پژوهشی حوزوی، دانشگاهی و حاکمیتی این مهم را رقم بزند. علاوه بر این، احصاء و اولویت‌سنجی خلأها و نیازهای پژوهشی کشور و نیز حمایت از ایده‌های پژوهشی، آثار و تألیفات، پژوهشگران و شرکت‌های دانش‌بنیان فضای مجازی کشور از اقدامات اساسی پیش‌رویِ پژوهشگاه فضای مجازی است.